ページネーションをログ一覧の上に設置したい。

ページネーションをログの上部に持ってくる場合は、ずぼログ出力部分のコードを、以下のようにしてください。

<?php
// 初期設定はじめ※※-----------------------------------------------
～ここに初期設定～
// 初期設定おわり---------------------------------------------------

// ずぼログ　ページネーションを出力する関数です。
// ページネーションが不要の場合は削除してください。
echo $zubologApp->createZubologPagenation($zubolog_dir, $zubolog_perpage, $zubolog_sort, dirname(__FILE__));
?>

<!-- ずぼログ　一覧出力　ここから -->
<ul class="zubolog zubolog_2 zubolog_md-3">

<?php
// ログを出力する関数です。
// ログの出力形式（HTML）を変更したい場合は、templateフォルダ内のPHPファイルを編集してください。
echo $zubologApp->createZubolog($zubolog_dir, $zubolog_perpage, $zubolog_sort, dirname(__FILE__), $zubolog_temp);
?>

</ul>
<!-- ずぼログ　一覧出力　ここまで -->

PHP記述の開始および終了を示す <?php　～　?> の記述や、<ul>タグの位置が入れ替わっていますので、ご注意ください。初期設定をした後、最初にページネーションを出力する関数を記述してから、ログを出力する関数を<ul>で囲みます。