興味が湧いててがろぐでずぼログ利用を私の方でもいろいろためしてみました。
cgiのソースコードを改めて確認したところ、skin-cover/skin-onelogなどをphp拡張子に変更したとしても表示上は「htmlファイルだよ」と判定されてしまう仕様でした。
そのため、skin-cover/skin-onelogでは「<?php」から始まるphp文がコメントアウトされてしまい正常に動作しないことをこちらで確認しております。
phpファイルとしての判定にできれば、とも思ったのですがperlは未履修で方法が思い浮かばなかったこと、アップデートの度にソースコードを確認して手修正するのは手間だったり担保できなかったりすることからcgi内部の書き換えに寄る解決は止めておきます。
手立てがないわけではなく、JavaScriptを利用してhtmlファイルですぼログ(php)の使用自体はできました。てがろぐでの動作も確認しています。
ただずぼログの設置マニュアル的に教えて良いのか不安なので、一応できるとだけお伝えさせていただきます……（てがろぐの仕様上、ページネーションはそのままでは使えないです）