てがろぐで「skin-cover.html」「skin-onelog.html」ファイルを「skin-cover.php」「skin-onelog.php」で利用する方法ですが、高度なカスタマイズとして恐らくできると思います。
公式「CGI本体ファイルに直接記述する高度な設定群」が参考になるかと思います。その他の項目（一番下）に記載があります。
(73行目) my $skincover =(73行目) my $skincover = ‘skin-cover.html’;(74行目) my $skininside = ‘skin-onelog.html’;スキンファイル名(外側/内側)
▲変更すると、変更後のファイル名に合致したファイルしかスキンとして認識されなくなります。(変更しないことをお勧め致します。);
上記の部分で拡張子をhtml→phpに変更すればphpファイルでも使用可能かな？と思います。ただ書いてある通り、phpに変えたらphpファイルのみ対応することになるので、同じてがろぐ内でスキンを追加・変更する場合はskin-cover、skin-onelogファイルの拡張子をすべてphpに統一する必要があります。
またtegalog.cgiを直接書き換えるやり方になるので、バージョンアップの際に毎度書き換える必要があります。
お試しの際は念のためtegalog.cgiファイルのバックアップを取ってから変更してみてくださいませ。