ガタガタ様
重ねてご確認頂きましてありがとうございます。早々にご返信頂いたにも関わらず、回答が遅れ申し訳ございません。
テーマについて以下のカスタマイズをしておりましたので、カスタマイズを無効（テーマのデフォルトの状態）として試しましたが、表示は変わりませんでした。
・content-single.phpにて、投稿者名の表示をコメントアウト。カテゴリ表示位置をデフォルトから変更（コードの行を移動）
・style.cssにて、個別投稿におけるフッター表示（.entry-footer）のセンタリング解除。マージン変更。
抜粋関係のプラグインの使用はありません。
WordPress標準機能の「抜粋」に文章を入力したところ、入力した文言のみが表示され、ショートコードの表示はなくなりました。上が抜粋あり、下が抜粋なしです。
自分のサイトは記事が300件近くあるため全てに抜粋を入れるのは現実的ではないのですが、解決策の一つにはなりそうです。
また、別テーマに変更したところ、見え方に差があることがわかりました。
Write 2.1.2（ご相談中のもの） 投稿一覧・カテゴリ一覧・投稿者一覧でショートコード表示
Graphy 2.3.2 投稿一覧はショートコード非表示。カテゴリ一覧・投稿者一覧でショートコード表示（抜粋が入力されている場合は非表示）
EASEL 1.4.1.0 投稿一覧・カテゴリ一覧でショートコード非表示
Kanso 1.0.5 投稿一覧・カテゴリ一覧でショートコード非表示
Twenty Twenty-Five 1.0 投稿一覧・カテゴリ一覧・投稿者一覧でショートコード非表示
このことからテーマによる影響があり、いいねボタン for WordPressのプログラム側で行なって頂ける対処には限界があるのでは？ という気がしています。もちろん今後のプログラムの改修によって状況を改善できたらとてもありがたいですが、本件でガタガタ様のお手を煩わせ続けるのは本意ではありませんので、ご無理のない範囲で見て頂けましたら幸甚です。引き続き検証などこちらでできそうなことがありましたら確認致します。
※余談ですが、Graphy、EASEL、Kanso、Twenty Twenty-Fiveにおいて、一覧表示でも「続きを読む」の後にいいねボタンが表示されるという別の事象に気づきました。